Elokuva seuraa Sonicin seikkailuja, kun hän yrittää selviytyä oudosta elämästä maan päällä yhdessä uuden ihmisystävänsä Tom Wachowskin kanssa. Sonic ja Tom tekevät yhteistyötä yrittäessään estää konna Dr. Robotnikia vangitsemasta Sonicia ja käyttämästä hänen valtavia voimiaan maailman valloittamiseen. Maailman sininen suosikkisiili on palannut uuteen seikkailuun! Kun Dr. Robotnik palaa etsimään smaragdia, jolla on voima tuhota sivilisaatioita, Sonic lyöttäytyy yhteen apurinsa Tailsin kanssa ja yhdessä he lähtevät matkalle löytääkseen smaragdin ennen kuin se joutuu vääriin k